熊本空港ビルディングによると、熊本地震により全便運休していた熊本発着の国際線について、6月3日から、チャイナエアライン（CI）が高雄線の運航を再開する。同日から、4月14日以降閉鎖していた国際線ターミナルの全エリアの供用も再開。その他の国際線については、現時点での再開の時期は未定という。

　国内線については、4月20日からジェットスター・ジャパン（GK）、フジドリームエアラインズ（JH）、天草エアライン（MZ）の3社が全路線で通常通りの運航を開始したところ。4月19日から一部路線で運航を再開していた日本航空（JL）、全日空（NH）、ソラシドエア（6J）についても、JLは6月1日から、NHと6Jは6月2日から全線で通常通り運航する。

　熊本空港ビルディングによると、国内線ターミナルについては現在も飲食店や一部のトイレ、ラウンジなどを閉鎖しているところ。全エリアの復旧のめどは立っていないが、早期の再開をめざし現在も復旧作業をおこなっているという。