商船三井客船（MOPAS）は2009年11月から2010年2月の4ヶ月間、にっぽん丸の大規模改造を行う。MOPAS代表取締役社長の萩原節泰氏は、「好みが多種、多様化しており、最大限に 応えていきたい。これにより、営業拡大につなげたい」と語り、客室数の増加、客室カテゴリーの増加で、多様化する市場への対応を図る考えを明らかにした。この改造の背景は、2006年に飛鳥IIが就航したことで邦船人気が高まり、にっぽん丸でも「500名前後のお申込みをいただき、恒常的に客室が不足」している状況で、いわゆる稼働率は「90％超」を推移。また、2005年には新規顧客が53％、リピーターが47％のところ、2006年には新規63％、リピーター37％と、幅広い層が獲得できている状況から、客室数は18室増とし、カテゴリーを増やす。これにあわせ乗組員室を増加し、サービスレベルの向上なども図る。客室数は18室増だが、「乗組員が使っている場合もあり、実質的には50室増と同じ効果」（取締役安全・サービス管理部長の魚山潤氏）と、集客への高い効果を期待している。

　改装は7階部分の床面積を拡張し、6階部分のクルー用船室をスイートに改装、ベランダ付きとして、バトラーサービスを導入するなど、プレミアを拡充。さらにデラックスを1カテゴリーから3カテゴリー、ステートは3カテゴリーを維持し、幅広い客層を捉える体制とする。