日本外航客船協会（JOPA）によると、日本籍のクルーズ客船3隻の2016年の国内港湾への寄港回数は、前年から83回増の593回となった。JOPAによれば、海外への長期間のクルーズが減少したことなどにより増加したいう。

　寄港回数が最も多かったのは横浜港で、前年比1回減の87回となり、14年連続で1位に。2位は神戸港で20回増の73回、3位は名古屋港で1回減の31回だった。上位3位は前年と同様の結果。第4位は4年ぶりに東京港となり、7回増の17回。5位は博多港で2回増の16回だった。

　このほかには、6位に屋久島の宮之浦港、9位に沖縄クルーズの拠点である那覇港、12位に小笠原諸島・父島の二見港、14位に利尻島の沓形港が入っており、JOPAでは「離島クルーズは定番となっている」との見方を示している。また、7位に広島港、8位に函館港が入ったことについては、クルーズ船社や旅行会社などが新規客の獲得をねらい、地方港発着クルーズを増加した結果と分析した。

　所管の運輸局別では、関東運輸局が最も多く4回増の124回。次いで九州運輸局が21回増の103回、神戸運輸監理部を含む近畿運輸局が16回増の93回と続いた。寄港回数が5回以上の港湾と運輸局別の寄港回数は下表の通り。