商船三井客船（MOPAS）はにっぽん丸の感動航海クルーズ「瀬戸内のんびりプラン・横浜／長崎クルーズ」を設定した。これは7月9日夕刻に横浜を出港し、11日午後に長崎に到着する3日間のクルーズ。ツアー名通り、明石海峡大橋をはじめ、瀬戸大橋などを眺め、風光明媚な瀬戸内海をゆっくりと楽しむことができる。また、船内での特別イベント「長崎文化人と食探訪」では、長崎県出身の脚本家、市川森一さんの話を聞き、長崎県の名産品を味わうことができるほか、結成55年のダークダックスのショーを堪能できる。料金は食事と船内イベント付きで6万円から。なお、同クルーズは片道クルーズだが、空路の羽田へのコースをはじめ、長崎に1泊しグラバー園での歓迎レセプションと市内観光、または雲仙温泉に1泊し天草観光、ハウステンボスでの1泊観光など追加プランのコースも用意している。

　そのほか、「博多／神戸／横浜クルーズ」では博多停泊中の特別ツアー・イベントを決定。乗船日の7月12日に祗園山笠の追山ならしへ行く乗客のために会場までの無料連絡バスを運行するほか、有料の桟敷券の確保、乗船前のターミナルでの手荷物預かりサービスを実施する。夜は船内で伝統ある博多芸妓の特別講演やにっぽん丸座で楽しむことができる。また、別料金で12日夜は飾り山笠ライトアップ見学ナイトツアー、13日の午前中は魚市場ツアー、九州国立博物館ツアーなどを設けている。