日本トランスオーシャン航空（NU）は2012年3月25日から中部／石垣線を運休することを決定し、9月22日付で国土交通省に申請した。NUは運休の理由について、沖縄県を発着する路線の競争環境が新規航空会社の参入により変化しているとし、安定的に利益を確保できる企業体質の構築をはかる施策の一貫と説明している。

　中部／石垣線は2009年2月に開設し、約3年運航していた。今後は那覇経由便などで対応する。