9月6日未明に発生した北海道胆振地方中東部を震源地とする地震により、新千歳空港は旅客ターミナルビルを終日閉鎖し、全便が運休となった。17時の時点で、新千歳空港ターミナルビルのウェブサイトでは「本日は早朝の地震により、全便運休、旅客ターミナルビルは閉鎖致します」とのみ発表されており、再開の見通しなどについてはアナウンスされていない。

　国土交通省によれば、新千歳空港では震度6弱の揺れを観測。滑走路に異常はなかったが、ボーディングブリッジが稼働不能となったほか、ターミナルビル内においてスプリンクラーの配管破損による漏水が発生するなど、旅客の安全を確保することができなかったためターミナルビルを終日閉館とした。空港への鉄道とアクセスバスも運行を見合わせた。

　札幌丘珠空港と函館空港では震度5弱を観測。丘珠の滑走路に異常はなく、函館の滑走路については15時の時点で確認中。そのほかの空港施設などに異常は見られないという。

　なお、今回の地震に伴い道内全域で停電が発生していることを受け、各空港では発電機による送電を実施。また、エア・ドゥ（HD）によれば女満別空港が14時からターミナルビルを閉館している。

　そのほか、JR北海道も地震に伴う停電の影響により、当面の全線運休を決定。同社ウェブサイトによれば、17時の時点で「停電のためホームページの更新もできない状況」にあるという。