日本旅行業協会（JATA）によると、4月と5月の苦情件数は4月が前年比117.5％増の411件、5月が73.9％増の346件であった。4月、5月ともに大幅に増えた。新型インフルエンザ関連の苦情や問い合わせについては「催行・不催行」の中に含めている。

　4月は普門エンタープライズの倒産で「倒産と弁済業務」が178件、新型インフルエンザの発生により「催行・不催行」が37件と増え全体数を押し上げた。これらをのぞくと前年比27.3％増となる。5月は4月以上に新型インフルエンザに関する問い合わせ件数が増え、前年0件だったのに対し133件となった。これをのぞくと7.0％増となる。また、2008年5月にはアトムツアーが倒産しており前年は倒産・弁済業務が55件となっていた。新型インフルエンザに関する問い合わせでは、4月と5月を比べても96件増加している。

　また旅行会社に問題のある苦情として、ソウルへの旅行商品で利用予定航空会社が日本航空（JL）もしくは大韓航空（KE）となっており、4000円の追加代金でJL指定で申し込んだものの、実際はJLとKEの共同運航便でKE機材で、航空券上ではJLとなっているが意味がないという事例があった。これは、JL指定の商品の場合には募集段階で明確にJL機材や乗務員を往復ともに使用している場合にのみ記載可能としているため注意が必要だ。