観光庁は新型インフルエンザ発生にともない観光産業が影響を受けたことに対し、日本旅行業協会（JATA）や日本ツーリズム産業団体連合会（TIJ）などと協力し、ケーススタディや調査をおこない提言となるものを9月中をめどに提出する。さらに、発信力ある人を集めたシンポジウムなどを開催し世論を喚起し、2009年内にはマニュアルとしてまとめる。具体的には、情報を発信者する側の姿勢として共同で迅速な行動をとることや、報道機関に対しての明確な情報提供などをとりまとめていく。

　また、観光庁では新型インフルエンザの影響に関する調査を全国都道府県に対し実施。観光庁長官の本保芳明氏は、近畿や四国、中部以外の半数以上の都道府県において、旅行業者や宿泊業者などから意見や相談がなかったとの結果について、「明日はわが身と意識して全国的な取り組みが必要」と言及。自治体を含め観光産業などが一体となった危機管理の体制づくりをめざす。なお、同調査によると、旅行のキャンセルなどによる観光産業への影響は全国的で、特に近畿や中部への影響が大きかったという。また、一部の都道府県が主催するイベントが5月22日付けの政府の基本的対処方針決定後も中止などの対応をするなど各地の対応に時差が生じていた。