ホノルルマラソン協会日本事務局は、期間限定でアーリーエントリーを受け付ける。期間は5月15日から25日までで、フルマラソンとフルマラソンの車イス部門が対象。ホノルルマラソンでのアーリーエントリーの実施はこれが初の試みという。

　受付は日本事務局サイトでのオンラインエントリーに限定。エントリー資格は大会当日の2012年12月9日に満20歳以上であること。エントリー料金は1万4000円で、6月1日から9月28日までの1万8000円、9月29日から11月9日までの2万円よりも割安とした。

　なお、ホノルルマラソン協会日本事務局では今年、JALホノルルマラソンが40周年を迎えることを記念し、今回アーリーエントリーをした参加者の中から抽選で40名に「ホノルルマラソン・エクスペリエンス・プライズ」をプレゼントする。

　これは、大会の前々日に開催されるカーボローディングとライブイベントの「ホノルルマラソン・ルアウ」の入場チケットと、大会前日に開催される日本人ランナー限定のセミナー参加チケット、非売品のボランティアスタッフTシャツやキャップなどをセットにしたものだ。